保密要害部门、部位的保密管理，遵循“谁主管，谁负责”的原则，其管理职责分为三个层次。1.机关、单位及其保密委员会。机关、单位及其保密委员会对保密要害部门、部位保密管理负总责，其主要职责是:按照保密工作责任制的规定，建立完善保密要害部门、部位保密工作责任制，明确相关人员的保密责任；负责组织保密要害部门、部位确定和调整工作；制定相关保密管理制度；按照国家保密标准要求，规划保密经费预算，配置保密技术设施、设备；加强内部和周边保密环境监管；按照涉密人员管理要求，对保密要害部门、部位任用的工作人员进行选拔和涉密资格审查，组织保密教育培训，签订保密承诺书，定期进行监督考核；对保密要害部门、部位的保密工作进行年度审查。

2.保密要害部门、部位主要负责人。保密要害部门、部位主要负责人是第一责任人，对保密要害部门、部位的保密工作担负直接管理责任。具体职责是:建立岗位保密工作责任制，分解保密责任，落实到具体岗位和人员；对制度落实情况进行监督；对保密要害部门、部位的人员进行教育、管理和考核；细化各项内部保密管理工作，确保人防、物防、技防措施落实到位。

3.保密行政管理部门和保密工作机构。各级保密行政管理部门，对本行政区域机关、单位确定的保密要害部门、部位的保密管理工作，担负指导和监督检查的职责；业务主管部门的保密工作机构，按照职权范围，负责本系统各级机关、单位保密要害部门、部位保密工作监督管理。